Dział profilaktyki został powołany w 2016 roku w celu koordynowania, monitorowania i sprawozdawania działań w zakresie realizacji Gminnego Programu Przeciwdziałania Narkomanii i Uzależnieniom Behawioralnym w Gdyni na lata 2016-2020. Dział Profilaktyki będzie również wspierał szkoły we wprowadzaniu i realizacji nowego systemu zarządzania szkolnymi programami profilaktycznymi.